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1912年，同济德文医学堂与创办不久的同济德文工学堂合并，更名为同济德文医工学堂。1923年正式定名为大学。1927年成为国立同济大学，是当时首批经国民政府批准成立的7所国立大学之一。 抗战爆发，美丽的同济校园在侵略者的轰炸中仅剩断壁残垣。为求“一张平静的书桌”，学校于1937年开始内迁办学。经过三年流离、六次搬迁，先后辗转浙、赣、桂、滇等地，直至1940年落脚四川宜宾的李庄古镇。师生们教学不辍，坚持文化抗战。1946年回迁上海以后，同济大学发展成为以理、工、医、文、法五大学院著称的海内外著名综合性大学。 1952年院系调整，同济大学原有的医学、理学、文、法、测绘、造船等优势学科或支援其它高校，或整体搬迁内地，为新中国高等教育布局调整作出了贡献。同时全国10多所大学的土木建筑相关学科汇聚同济，同济大学成为国内土木建筑领域规模、学科全的工科大学。改革开放以后，同济大学再次站到了引领时代发展潮流的前沿。1979年，时任校长李国豪率先提出“两个转变”的办学方针——恢复与德国的传统联系、建设多科型大学，得到邓小平、方毅等中央领导同志的大力支持。经过十多年努力，同济大学恢复和发展成为一所以工为主，理工结合，经、管、文、法各具特色的多科性大学。 1995年11月，同济大学通过“211工程”部门预审。2002年6月，教育部与上海市人民政府签约重点共建同济大学。期间，1996年9月，原上海城市建设学院和上海建筑材料工业学院并入同济。2000年4月，同济大学与上海铁道大学合并，组建成新的同济大学。2003年11月，上海航空工业学校划归同济大学管理。2004年，列为中组部直管高校。 2007年建校百年之际，同济大学已发展成为一所特色鲜明、具有国际影响力的综合性、研究型、国际化大学。2013年，学校提出“建设以可持续发展为导向的世界大学”的目标愿景。100多年来，同济大学为国家和社会培养了30余万名高素质建设者和接班人，造就了一大批杰出的政治家、科学家、教育家、企业家和工程技术人才。校友中当选中国科学院、中国工程院两院院士有140余人，贝时璋、李国豪、裘法祖、吴孟超等是其中的杰出代表。